Ο ΣΕΒΤ ήταν και είναι υπέρ της δημιουργίας και σωστής λειτουργίας του ΕΦΕΤ. Η θέση του ΣΕΒΤ ήταν ανέκαθεν ότι ο ΕΦΕΤ είναι ένας οργανισμός, που πρέπει να έχει τις δυνατότητες να γνωρίζει και να πληροφορεί, να ελέγχει, να διορθώνει και να συγκεντρώνει την καλύτερη επιστημονική γνώση. Για τους λόγους αυτούς, ο ΣΕΒΤ πιστεύει ότι ο ΕΦΕΤ θα πρέπει να λειτουργεί, ως ανεξάρτητη αρχή, σε πνεύμα συνεργασίας, πρόληψης και υποστήριξης. Η άποψη του ΣΕΒΤ είναι ότι ο ΕΦΕΤ και οι επιχειρήσεις δεν πρέπει να αποτελούν «αντίθετα στρατόπεδα». Αντιθέτως, πρέπει να υπάρχει μεταξύ τους σχέση εμπιστοσύνης και συνεργασίας. Σκοπός του ΕΦΕΤ δεν πρέπει να είναι μόνο η καταστολή, αλλά, κυρίως, η υποστήριξη των επιχειρήσεων και η προληπτική δράση. Στο πλαίσιο αυτό, οι αρμοδιότητες του ΕΦΕΤ θα πρέπει να διευρυνθούν, προκειμένου ο ΕΦΕΤ, εκτός από κυρωτικό, να καταστεί και γνωμοδοτικό-επιστημονικό όργανο, κατά το πρότυπο της Ευρωπαϊκής Αρχής για την ασφάλεια των Τροφίμων. Επίσης πρέπει να αναμορφωθεί το σύστημα κυρώσεων και να καθιερωθεί ένα διαβαθμισμένο σύστημα αντίδρασης σε περιπτώσεις μη συμμόρφωσης, στο πλαίσιο του οποίου η επιβολή κυρώσεων να αποτελεί το τελευταίο στάδιο.